Finalmente

Finalmente acho que consegui colocar a pesquisa para andar, depois de umas 60 mil linhas de alterações de código. Alguns problemas eram relativamente complicados, mas agora os algoritmos estão funcionando corretamente em todas as configurações de parâmetros e não degeneram mais em regiões próximas da não estacionariedade.
Mas esses problemas foram bem elucidativos - aprendi bastante sobre o problema, e toda essa luta rende uma seção interessante para o artigo. Agora é esperar os resultados.