Resolvido

Em relação ao problema com a database em XML: Resolvido. Ao invés de usar a força bruta no parsing do XML, criei um banco de dados com a estrutura adequada no MySQL usando a estrutura do XML e usei a nova ferramenta de importação de dados XML que está na versão alpha do novo MySQL 6. Como tudo no MySQL, é impressionante a velocidade e o mínimo de memória utilizado.
O legal é que estudei mais XML e XPath, e coloquei uma ferramenta nova na caixa. Foi bom para distrair dos meus problemas de pesquisa.